A oração e o cuidado com os leprosos passam a ser sua rotina, para a qual não teme gastar nenhuma riqueza. No entanto, seu pai, que lhe reprovava a demasiada generosidade, prende-lhe, entre correntes, em sua própria casa.
Liberto pela mãe durante a ausência do pai, Francisco se retira para sua gruta costumeira onde pede ao Senhor forças para ser-Lhe fiel. E sua oração é atendida! Conduzido por Pedro de Bernardone ao Bispo de Assis, diante de toda a cidade, despoja-se de suas vestes, entregando-as ao pai, como símbolo de renúncia à herança paterna. “Vendo isso, e admirado de um fervor tão transbordante no homem de Deus, o bispo logo se levantou recolhendo-o entre seus braços com lágrimas…” Desde então passou a viver como um eremita, ora na solidão das grutas, ora a mendigar e cuidar dos leprosos; até que, em24 de fevereiro de 1208, ouvindo o trecho do Evangelho da missa de São Matias, na Porciúncula, sobre a missão apostólica, sente-se chamado a viver na pobreza e a dedicar-se à pregação. Imediatamente, desfaz-se do bastão que trazia, tira o calçado, e, em lugar da cinta, cinge-se com uma corda.
Logo, outros companheiros se unem a ele no mesmo ideal de pobreza. Em 1209, vai a Roma para submeter ao Papa Inocêncio III o projeto de uma nova forma de vida religiosa. O Santo Padre, em sonhos, vê que a Basílica de São João de Latrão, a igreja-mãe de todas as igrejas, está a desabar e um religioso pequeno e insignificante ampara com os seus ombros a igreja para que não caia. Ele reconhece, em Francisco, este religioso. Iluminado pelo Senhor, intuiu a origem divina do movimento, concede-lhe a aprovação de sua Regra, a tonsura (sinal de que possuíam o aval da Igreja), e a licença de pregar. O Pai Francisco e os seus frades, cada vez mais numerosos, estabeleceram-se na Porciúncula, ou igreja de Santa Maria dos Anjos, lugar sagrado por excelência da espiritualidade franciscana. Em 1216, o Santo Patriarca obtém do Papa Honório III uma indulgência plenária à quem visitar esta igrejinha no dia 2 de agosto. Em 1209 ou 1210, nosso Seráfico Pai funda a Ordem dos Irmãos da Penitência, depois chamada Ordem Terceira de São Francisco e, hoje, denominada Ordem Franciscana Secular (OFS ).
Também Clara de Favarone, uma jovem de Assis, de família nobre, se pôs na escola de Francisco em 1212, estabelecendo-se no Mosteiro de São Damião com outras irmãs. Assim, teve origem a Segunda Ordem franciscana, a das Clarissas, outra experiência destinada a dar frutos insigne de santidade na Igreja, em uma vida de silêncio, trabalho e oração.
Em 5 de maio de 1217, o Pai Francisco convoca todos os frades para o Capítulo Geral de Pentecostes na Porciúncula. A partir desta data começam as grandes missões franciscanas! Os frades são enviados a diversos lugares e países. Os territórios de missões são divididos em Províncias com um frade responsável pela missão, o ministro custodial. Os irmãos enviados para o Marrocos, são martirizados, tornando-se os protomártires franciscanos.
Movido por esse fato, Fernando Bulhões, cônego regular de Coimbra, pede ingresso na Ordem, e recebe o nome de Antônio. É Santo Antônio de Pádua! Em 1219 participou da Quinta Cruzada, em uma tentativa de converter à fé cristã o sultão Al-Kamil. Chegou à presença do sultão e ao qual pregou os mistérios da Trindade e da Redenção, mas não obteve sua conversão. Em sua ausência, muitas mudanças ocorreram na Ordem, contra sua vontade. Ao retornar, em 1220, entrega o governo da Ordem a Frei Pedro Cattani, um dos seus primeiros companheiros.
Na noite de 24 de Dezembro, a festa de Natal, em uma gruta em Greccio, aldeia do Vale de Rieti, arma o primeiro presépio da história! Quinze dias antes do Natal, Francisco disse […]: “Quero evocar a memória do Menino que nasceu em Belém e de todos os sofrimentos que padeceu desde a Sua infância. Quero vê-Lo, com os meus olhos carnais, tal como Ele estava, deitado numa manjedoura, dormindo sobre o feno, entre uma vaca e um burro”. (…) Foram convocados irmãos dos vários conventos em redor. Homens e mulheres da região, coração em festa, prepararam, como puderam, círios e archotes para iluminarem aquela noite que viu aparecer no céu, rutilante, a Estrela que havia de iluminar todas as noites e todos os tempos. Por fim, chega Francisco. Vê que tudo está a postos e fica radiante. Lá estava a mangedoura com o feno e, junto dela, o boi e o jumento. Ali receberia honras a simplicidade, ali seria a vitória da pobreza, ali se aprenderia a lição melhor da humildade. Greccio seria a nova Belém. Por fim, é celebrado o rito solene da Eucaristia sobre a mangedoura, e o sacerdote que a celebra sente uma consolação jamais experimentada. Francisco reveste-se com os paramentos diaconais, pois era diácono e, com voz sonora, canta o santo Evangelho.
Dois anos antes de sua morte, havendo iniciado um retiro de Quaresma em honra de São Miguel num monte muito alto chamado Alverne, sentiu com maior abundância do que nunca a suavidade da contemplação celeste. (…) Aproximava-se a festa da Exaltação da Santa Cruz, quando ele viu descer do alto do céu, um serafim de seis asas flamejantes, o qual, num rápido vôo, chegou perto do lugar onde estava o homem de Deus. O personagem apareceu-lhe não apenas munido de asas, mas também crucificado, mãos e pés estendidos e atados a uma cruz. Duas asas elevaram-se por cima de sua cabeça, duas outras estavam abertas para o vôo, e as duas últimas cobriam-lhe o corpo. Tal aparição deixou Francisco mergulhado num profundo êxtase (…). Logo começaram a aparecer em suas mãos e pés as marcas dos cravos. Via-se a cabeça desses cravos na palma da mão e no dorso dos pés; a ponta saía do outro lado. O lado direito estava marcado com uma chaga vermelha, feita por lança; da ferida corria abundante sangue frequentemente, molhando as roupas internas e a túnica. Ao sair do Alverne, Seráfico Pai, entre suas várias pregações por toda a Itália, acompanhado sempre de um irmão, passará o restante dos dias cavalgando um jumento, pois já não consegue andar devido às chagas dos pés.
Em março de 1225, praticamente cego, permanece algum tempo com as clarissas de São Damião. Ali compõe o Cântico do Irmão Sol. Em julho ou agosto, em Fonte Colombo, o médico cauteriza as têmporas de nosso Pai, mas com pouco resultado.
Em 1226, nos últimos dias de vida, dita seu Testamento. Nu no chão, aceita emprestado o hábito que o guardião lhe dá. Ouve o Evangelho da Última Ceia e abençoa os filhos seus, presentes e futuros.
Aos 3 de outubro, à tarde, o Serafim de Assis morre cantando um dos salmos de Vésperas. Em 4 de outubro, é sepultado na igreja de São Jorge, na cidade de Assis, mas o cortejo fúnebre passa antes pelo mosteiro de São Damião, para a despedida de nossa Seráfica Mãe e suas irmãs. Aos 16 de julho de 1228 é canonizado por S.S. Gregório IX.
